Около 1580 года один из жителей Арзамаса Феофилакт Яковлев по своему усердию и на собственный счет построил деревянную церковь во имя Николая Чудотворца. Строитель храма был рукоположен во священники и стал служить в приходе выстроенной им церкви. В то время игумен Арзамасского Спасского монастыря Сергий уговорил иерея Феофилакта основать при Николаевской церкви женский монастырь, которого еще не было в городе. Феофилакт строит не­подалеку еще одну деревянную теплую церковь во имя Богоявления, с жилыми подклетами и деревянной папертью, а также колокольню и 30 от­дельно стоящих келий. В первое время своего существования число монахинь в обители не превышало 30 человек.

ПОЖАРЫ И СМУТА
В начале XVII века Арзамас, как и многие другие русские города, был застроен деревянными зданиями, а потому очень часто страдал от опустошительных пожаров. В 1650 году все постройки были уничтожены, возрождалась обитель нелегко и уже не в прежних размерах. По мнению исследователя истории Арзамаса Н. М. Щеголькова, жена основателя Николаевской обители иерея Феофилакта старица Пелагея вместе с сыновьями, Григорием и Афанасием, построили на прежнем месте новую деревянную теплую церковь во имя Богоявления. Этот храм был единственным около 30 лет. Соборный холодный каменный храм во имя Николая Чудотворца начали строить спустя несколько лет, но возводился он очень медленно.

В конце 70-х годов XVII века вспыхнуло народное восстание под руководством С. Разина. Среди повстанцев предводительницей большого отряда была Алена Арзамасская – монахиня Марфа Арзамасского Николаевского монастыря. В своих донесениях царю князь Долгорукий сообщает об этом: «…А вор старица в расспросе и с пытки сказалась Аленою зовут, родиною де, государь, она города Арзамаса, Выездные слободы крестьянская дочь, и была замужем тое ж слободы за крестьянином; и как де муж её умер, и она постриглась». Её осудили к сожжению в срубе как разбойницу.
В 1683 году достроен и освящен храм во имя Святителя Николая Чудотворца.
В 1716 году численность Николаевского монастыря составляла уже более 80 монахинь. А в 1726 году снова пожар – монастырь вторично был превращен в пепел. Всем городом снова стали восстанавливать обитель. В 1738 году восстановили каменную Никольскую церковь, а над западной папертью возвели трехъярусную каменную же колокольню.
В 1740 году была построена теплая деревянная церковь во имя Богоявления, в 1777 ее заменили на каменный храм. В 1813 году на этом месте построено было новое, уже пятое здание Богоявленской церкви, которое существует до сих пор.
Интересный факт
Значительный вклад в развитие обители внес протоиерей Авраамий Некрасов, ученик преподобного Серафима Саровского, который прослужил в обители 32,5 года. В течение 24 лет он был духовником. Еще при жизни вышли два издания его писем, адресованных к монашествующим и мирянам.

В 1913 году монастырь был вполне благоустроен. Число монахинь достигло 325 человек. Не имея богатых и постоянных жер­твователей, они жили в основном своим трудом, работая на земельных угодьях, принадлежа­щих монастырю; в монастырской иконописной мастерской; изготовляли обувь, вязали ботинки, чулки и пуховые платки, стегали одеяла и т. д.
Монахини шили церковные облачения, ис­кусно украшая их, а также оклады к иконам, элементы церковного убранства, светские наряды золотой вышивкой – золотошвейное мастерство развивалось здесь на высочайшем уровне и славилось по всей России, были заказы из-за границы.
Интересный факт
В 1885 году игуменья Николаевского женского монастыря Паисия за золотные изделия монахинь, представленные на Нижегородской кустарно-промышленной выставке, признана за вышитый платок достойной почетного отзыва, за шитые туфли – бронзовой медали. Вещи эти были преподнесены царской семье, которая с благодарностью приняла их от монастыря.

ЗАПУСТЕНИЕ И НОВОЕ ВОЗРОЖДЕНИЕ
В 1926 году во время репрессий и гонений на Православную церковь монастырь был закрыт, сестры разогнаны. На месте обители устроили «Комсомольский городок».
После возвращения монастырю первых зданий в 1994 году сестры увидели на территории руины Никольского храма и принялись за восстановление обители. 18 декабря 2015 года был освящен Никольский храм, вновь отстроенный и расписанный. Выстроена колокольня, отлиты и подняты на нее 18 колоколов, звон которых радостно возвещает о том, что русское монашество живо и по-прежнему несет свой молитвенный подвиг. В декабре 2016 года освящен после капитального ремонта и росписи центральный придел Богоявленского храма.

СВЯТЫНИ МОНАСТЫРЯ
Резной образ святого Николая Чудотворца «Можайского» («Никола-Проща»)
Подарен основателю монастыря иерею Феофилакту игуменом Спасского монастыря Сергием около 1580 года. После революции находился в Воскресенском соборе города Арзамаса. Возвращен в обитель в день освящения Никольского храма 18 декабря 2015 года.

Икона Божией Матери «Избавление от бед страждущих»
В 1997 году на совершенно почерневшей иконе появилось светлое пятно размером 10-15 см. Оно высветило шею Божией Матери с ручкой Младенца. С лета 2000 года это пятно стало быстро увеличиваться. Постепенно очищались лики Спасителя и Божией Матери, корона, благословляющая рука Спасителя, Его ножки, цвета одежд. Только летом 2001 года удалось достоверно определить название образа по уже значительно очистившимся деталям. Образ продолжает обновляться.

Икона Божией Матери «Достойно есть» рубленая
Икона «Достойно есть» была написана в 1853 году на Святой Горе Афон в русском Пантелеимоновом монастыре для сестер Алексеевской женской обители города Арзамаса. С приходом богоборческой власти драгоценную ризу с иконы сняли, саму икону разрубили на части и изрубили лик. В монастырь среднюю изрубленную часть иконы принесли в 1997 году уже почерневшей от времени. Некоторое время ее во время крестного хода носили вокруг обители и однажды обнаружили, что она обновилась. Икону поместили в храме для поклонения и молитвы. Спустя некоторое время поверх вырубленных глаз на лбу выступили еще два глаза, обращенные к небу.

«золото по бархату, как в 1885-м.»

«Придите к Святым воротам. Проведите рукой по шероховатой кладке 1769 года. Этот монастырь — как драгоценный ковчег: снаружи прост, внутри — бесценен»»

Копию платка Паисии

Фреску св. Николая

«на восточной стене Никольской церкви — «её спасли от извести в 2000-х.»